En venant de la gare, et en arrivant donc par l’est, le visiteur passera la porte Saint-Pierre pour se retrouver aussitôt dans un autre monde. Construite en 1522 sur des soubassements plus anciens, cette porte a été surmontée d’un clocheton en 1665. L’horloge de plus de 300 ans est conservée à l’intérieur de la porte et il est possible de la voir.
A l’ouest de la collégiale se trouve la porte Saint-Paul, qui est mentionnée pour la première fois en 1296. Suite aux destructions causées par la guerre de Trente Ans, cette porte a été reconstruite en 1664 et est depuis lors célèbre pour son toit brisé à quatre pans très élevé.
Au sud, la porte Saint-Jean s’ouvre sur le pont sur le Doubs. Les fondations de cette porte remontent également à la fin du Moyen-Âge. Depuis sa reconstruction à la fin du XVIIe siècle, elle est flanquée à l’ouest d’une tourelle d’escalier, qui avait sans doute une fonction défensive.
